No Outlook você pode criar pastas por assuntos ou projetos e encaminhar para elas as mensagens correspondentes, fazendo, assim, com que sumam da caixa de entrada, como acontece com a maioria dos serviços de e-mail.
Se quiser mover uma mensagem, clique nela e arraste-a até a pasta desejada ou use a opção Mover Para na barra de comandos no alto da tela e selecione o destino.
Para facilitar, use o comando Ctrl + Shift + V para abrir o menu Enviar Para.
Se quiser criar uma pasta nova, use o link correspondente e digite o nome no campo que aparecerá.